Диагностика инфекционных заболеваний иногда предполагает выявление инфекционных агентов, прямо или косвенно. На практике большинство незначительных инфекционных заболеваний, таких как бородавки, кожные абсцессы, дыхательной системы инфекций и диарейных заболеваний диагностируется их клинических проявлений. Выводы о причинах заболевания основана на вероятности того, что пациент пришел в контакт с агентом частности, наличие микробов в сообществе, а также других эпидемиологических соображений. При наличии достаточных усилий, все известные инфекционные агенты могут быть конкретно определены. Преимущества идентификации, однако, часто значительно перевешивают затраты, как это часто не существует специфического лечения, причина очевидна, или результатом инфекции является доброкачественной.
Конкретные идентификации инфекционного агента, как правило, определяется только при такой идентификации может помочь в лечении или профилактике заболеваний, или для продвижения знаний о ходе болезни до разработки эффективных терапевтических или профилактических мер. Например, в начале 1980-х, до появления AZT для лечения СПИДа , течение заболевания было внимательно следил по мониторингу состав пациентов образцы крови, даже если результат не будет предлагать пациенту дальнейшие варианты лечения. В частности, эти исследования на появление ВИЧ в конкретных общинах допускается улучшению положения гипотезы, чтобы путь передачи вируса. К пониманию того, как болезнь передается, ресурсы могут быть направлены на общин, подвергающихся наибольшему риску в кампаниях, направленных на снижение числа новых случаев инфицирования. Конкретных серологических диагностических идентификации, а затем и генотипической или молекулярной идентификации, ВИЧ также включена разработка гипотез, как к временной и географической происхождение вируса, а также множество других гипотез. Развитие молекулярной диагностики позволили врачам и исследователям для контроля эффективности лечения антиретровирусными препаратами. Молекулярная диагностика в настоящее время широко используется для выявления ВИЧ у здоровых людей задолго до наступления болезни и были использованы для демонстрации существования людей, которые генетически устойчивы к ВИЧ-инфекции. Таким образом, в то время как все еще нет никакого лекарства от СПИДа, есть большой терапевтический и интеллектуального пользу выявления вирусов и мониторинг вируса уровней в крови инфицированных лиц, как для пациента и для общества в целом.
Диагностика инфекционных заболеваний почти всегда инициируется истории болезни и физическое обследование. Более подробно методы идентификации привлекать культуры инфекционных агентов изолированы от пациента. Культура позволяет идентификации инфекционных организмов путем изучения их микроскопические особенности, обнаруживая наличие вещества, вырабатываемые возбудителями, а также непосредственно выявления организма его генотип. Другие методы (например, рентгеновские лучи, компьютерную томографию, ПЭТ или ЯМР) используется для получения изображений внутренних нарушений в результате роста инфекционного агента. Изображения полезны в выявлении, например, кости абсцесс или губчатой энцефалопатии производства прион.