Среди почти бесконечного многообразия микроорганизмов, относительно небольшое число причин заболевания у здоровых лиц. Инфекционные заболевания результатов от взаимодействия между этими несколькими патогенами и оборону хозяев, как они инфицируют. Возникновение и тяжесть заболевания в результате любого патогена зависит от способности этого возбудителя к ущербу, хозяин, а также способность противостоять хозяин возбудителя. Инфекционных микроорганизмов, или микробы, поэтому классифицируются как первичные патогенов или оппортунистических возбудителей в зависимости от состояния защитных сил организма.
Первичная патогенов вызывает болезни, как результат их присутствия или деятельности в рамках нормального, здорового хозяина, и их собственной вирулентности (тяжести заболевания они вызывают) является, в частности, необходимым следствием их необходимо воспроизводить и распространять. Многие из наиболее распространенных первичных патогенов человека только инфицировать людей, однако многие серьезные заболевания вызваны организмов, приобретенных из окружающей среды или которые заражают не человеческое хозяев.
Организмы, которые вызывают инфекционные заболевания в хост с депрессией сопротивление классифицируются как оппортунистических патогенов. Оппортунистических заболеваний может быть вызвано микробами, которые обычно в контакте с принимающей стороной, таких, как патогенных бактерий или грибов в желудочно-кишечном или верхних дыхательных путей, и они могут также быть результатом (в противном случае безобидных) микробов, приобретенных из других хостов (как и в несговорчивый колит) или из окружающей среды в результате травматического введение (как и в хирургических раневых инфекций или сложные переломы). Оппортунистических заболеваний требует нарушения защитных сил организма, которые могут возникнуть в результате генетических дефектов (таких как ХГБ ), воздействия антимикробных препаратов или иммуносупрессивной химических веществ (как это может произойти после отравления или рака химиотерапией), воздействие ионизирующего излучения, или в результате инфекционных болезней с иммуносупрессивной активностью (например, с корью, малярией и ВИЧ-инфекции). Первичная патогенов также может привести к более тяжелой болезни в хост с депрессией сопротивление, чем обычно происходят в хозяина. 
Один из способов доказать, что данное заболевание является "инфекционных", является удовлетворение Коха постулаты (впервые предложенная Роберта Коха ), которая требует, чтобы инфекционного агента быть определены только у пациентов, а не у здоровых людей, и что пациенты, которые контракта агент также разработать болезни. Эти постулаты были впервые использованы в открытие, что микобактерий видов причиной туберкулеза. Постулатов Коха не могут быть удовлетворены этически для многих заболеваний человека, поскольку они требуют экспериментального заражения здорового человека с возбудителя производится как чистую культуру. Часто, даже болезни, которые достаточно четко инфекционных не отвечают инфекционных критериям. Например бледной , причинные спирохета от сифилиса, не может быть культурным в пробирке. Однако организм можно вырастить у кролика яички . Менее ясно, что чистая культура происходит от животного происхождения, выступающая в качестве принимающей чем это когда производный от микробов производным от плиты культуры. Эпидемиология является еще одним важным инструментом, используемым для изучения заболеваний в популяции. Для инфекционных заболеваний она помогает определить, есть ли болезнь вспышка носит спорадический (случайный случаев), эндемичные (регулярные случаи часто происходят в регионе), эпидемии (необычно большое количество случаев заболевания в регионе), или пандемии (глобальной эпидемии).